1. В корне сайта создаём папку subdomains
2. Добавляем адресную запись в днс *.site.ru  A  IP (не забываем менять серийник при правке зоны)
3. В httpd.conf в алиасах домена пишем ServerAlias *.site.ru
4. В корне домена в .htaccess пишем

RewriteEngine on
Options +FollowSymlinks +Indexes
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.site\.ru$
RewriteCond %{HTTP_HOST} (www\.)?(.*)\.site\.ru$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^(/)?subdomains/
RewriteRule ^(.*)$ /subdomains/%2/$1

не забываем передёрнуть named и httpd
killall -HUP named
service httpd restart