На nix- системах есть очень выгодная команда, для поиска созданных и измененных файлов за последние N дней find /…./*.php -mtime -1 поищет не впаяли ли в ваше отсутствие в php файлы за последний день бэкдорчик 🙂 P.S. Сегодня таким методом вычисляли как один нехороший чел напакостил на сайте.