А хранит он их в реестре!
Ветка:
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Far\Plugins\FTP]

Либо в папке FAR’а :
«SaveSettings.bat» — сохраняет настройки
«RestoreSettings.bat» — восстанавливает

Для подключения к реестру уже отключенной винды (перегружаться, выгружать настройки и загружать заново — лениво) можно воспользоваться любой из утилит подключающихся к реестру локально
(подгрузить куст стандартным редактором не получилось — ругается на отсутствие прав).
Лично мне помогла утилитка RunScanner.exe + regedit.bat, которую можно скачать из материала «ручное удаление баннеров» (кстати — полезная статейка).
Правда и тут пришлось схитрить — чтобы выгруженная ветка загузилсь куда нужно я выгрузил её в старом формате, подредактировал пути и тогда уже загрузил назад.

P.S.
По аналогии перетаскиваем настроенные соединения Putty
Лежат тут
HKEY_CURRENT_USER\Software\SimonTatham\PuTTY\