Итак, задача такова — выбираем из списка город, отображается карта с расставленными на ней магазинами.

Магазины я расставил в конструкторе Яндекс.Карт который на выходе генерит подключаемый javascript код

Собственно, вроде всё просто — при выборе разных городов динамически подключаем нужный скрипт и вперёд!
Но тут то и фишка — код нужно не только подключить, но и выполнить.
Не буду долго томить — вот готовое решение, которое я повесил на success событие ajax запроса.
Последняя строчка — самая важная (почему то в выложенных в сети примерах этого момента нигде не было — .appendchied() и всё на этом).