В стандартной вирт.машине Битрикс логи Апача пишутся в один файл, причём без занесения туда вирт.хоста, соответственно понять к какому именно вирт.хосту был запрос — невозможно.
Решения два:
первое в конфиге аппача в LogFormat добавить %v — это как раз виртуальный хост.
второе — для каждого вирт.хоста прописать свой файл для сбора логов

P.S.
И вообще, по-хорошему в скрипт добавления сайтов нужно это дело сразу прописать.
Как руки дойдут — сделаю, опубликую решение (если конечно Битрикс не додумается до этого раньше).

P.P.S.
Руки дошли — правим
/root/bitrix-env/etc/httpd/bx_apache_site_template.conf
на предмет
CustomLog logs/access_log_#SERVER_NAME# combined ( эту строчку вместо существующей CustomLog logs/access_log combined )