Нередко, в движках используют в скриптах подключаемые файлы с расширением отличным от php, что имхо очень неправильно и опасно.
Например в одном из движков (не буду тыкать пальцем каком именно) в темлейте подключают файлы с расширением .tpl которые не являясь активкой по умолчанию (интерпретатор настроен по умолчанию как правило на htm html php php5 и подобные), которые спокойно открываются в браузере в исходных кодах! а там уже есть чего поанализировать «плохим парням» 🙂
Другой пример — служебные файлы .git, старые резервные копии .bak .old … всё это часто забывают запретить в настройках аппача или nginx-а.

Соответственно, добавляем в nginx следующие строки, и спим спокойно